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UltraVNC besteht aus einem Server und einem Anzeigeprogramm. Das Programm transportiert auch Dateien und ein eingebauter Chat verbindet Helfer und Hilfesuchenden. Um unliebsame Verbindungen abzuwehren, kann UltraVNC den Zugang zum Desktop mit einem Passwort schützen. Alternativ lässt das Programm nur Benutzer zu, die auf dem Windows-Rechner einen Account besitzen (MS Logon). Das VNC-Protokoll verschlüsselt die Datenübertragung nicht: Für abhörsichere Verbindungen braucht UltraVNC allerdings nicht notwendigerweise ein zusätzliches VPN. Optionale Plug-ins verschlüsseln die Verbindung zwischen UltraVNC-Server und -Client.